Ο άγιος Κλήμης καταγόταν από τη Ρώμη και έζησε στα τέλη του 1ου μ. Χ. αιώνα και έδρασε στα χρόνια που βασίλευσαν οι αυτοκράτορες: Δομετιανός (81-96), Νέρβας (96-98) και Τραϊανός (98-117). Είχε κατά την παράδοση βασιλική καταγωγή. Οι γονείς του ονομαζόταν Φαύστος και Ματθιδία. Χάρις στην ευγενή καταγωγή του και την οικονομική άνεση της οικογένειάς του έκαμε λαμπρές σπουδές. Έμαθε την ελληνική γλώσσα, γενόμενος έτσι και κοινωνός της ελληνικής παιδείας και φιλοσοφίας. Μάλιστα η πολυμάθειά του και η φιλοσοφική του κατάρτιση είναι έκδηλη στα συγγράμματά του.
Δε γνωρίζουμε λεπτομέρειες από την νεανική του ζωή. Μας διασώθηκε μόνο το τραγικό γεγονός, ενός ναυαγίου, όπου ο Κλήμης διασώθηκε θαυματουργικά. Μετά από αυτό γνωρίστηκε με Χριστιανούς της Ρώμης, κατηχήθηκε και βαπτίστηκε Χριστιανός. Αναδείχτηκε δε σημαίνον μέλος της Εκκλησίας της Ρώμης, ο οποίος κήρυσσε με παρρησία και σοφία τις αρχές και τις διδασκαλ
Το 91 μ. Χ., με την απαίτηση των ρωμαίων Χριστιανών, αναδείχτηκε τρίτος επίσκοπος της Ρώμης. Για την ιστορία αναφέρουμε πως πρώτος επίσκοπος αναφέρεται ο Λίνος και δεύτερος ο Ανέγκλητος. Αποδείχτηκε δε ως ένας από τους σπουδαιότερους επισκόπους της αρχαίας Εκκλησίας, τον οποίο διέκρινε το ήθος του, η βαθιά πίστη του στο Χριστό, οι πολλές αρετές, ο ζήλος του για τη διάδοση του Ευαγγελίου και η δυναμική αντιμετώπιση των προβλημάτων. Επί των ημερών του είχε μεταστραφεί μεγάλο πλήθος ειδωλολατρών και η Εκκλησία της Ρώμης είχε γίνει η πολυπληθέστερη Εκκλησία.
Ο άγιος Κλήμης έζησε και έδρασε στην εποχή των διωγμών κατά της Εκκλησίας, τον οποίο είχε εγείρει το ρωμαϊκό κράτος, κατά παρότρυνση των ειδωλολατρικών ιερατείων. Η νέα πίστη, με την πνευματική και κρυστάλλινη πίστη στον έναν Θεό απειλούσε σοβαρά την απόλυτα παρηκμασμένη αρχαία ειδωλολατρική θρησκεία, η οποία αποτελούσε και την επίσημη κρατική θρησκεία. Επίσης η κοινωνική διδασκαλία του Χριστιανισμού απειλούσε σοβαρά την κοινωνική δομή του απάνθρωπου ρωμαϊκού κράτους. Γι’ αυτό και ο Χριστιανισμός είχε κηρυχτεί παράνομη θρησκεία και οι χριστιανοί διώκονταν απηνώς.
Επί των ημερών του αγίου Κλήμη βρισκόταν σε εξέλιξη φοβερός διωγμός. Οι ειδωλολάτρες βλέποντας την μεγάλη στροφή του πλήθους στη νέα πίστη, εξαιτίας της δράσεως του αγίου επισκόπου, θορυβήθηκαν και στράφηκαν εναντίον, να του κλείσουν το στόμα. Ο ρωμαίος αξιωματούχος Πούπλιος, επί Τραϊανού, πλήρωσε και προκάλεσε στάση στο λαό, ρίχνοντας την ευθύνη δήθεν στους Χριστιανούς και ιδιαιτέρως στον Κλήμη. Έβαλε ψευδολόγους, οι οποίοι διέδιδαν ότι ο άγιος επίσκοπος έβριζε τους «θεούς» της αυτοκρατορίας και βεβήλωνε τους ναούς τους, και άλλους δήθεν Χριστιανούς, οι οποίοι τάχα υπεράσπιζαν τον Κλήμη. Με την κατηγορία της στάσης το συνέλαβαν και τον οδήγησαν στον αυτοκράτορα για απολογία. Προσπάθησαν να τον πείσουν να αρνηθεί το Χριστό, αλλά μάταια κοπίαζαν. Τότε ο Τραϊανός υπέγραψε διάταγμα εξορίας του και καταναγκαστικά έργα σε μια έρημη περιοχή της Χερσώνας, στον Εύξεινο Πόντο. Εκεί, μαζί με χιλιάδες άλλους Χριστιανούς, τον υποχρέωσαν να εργάζεται, κάτω από άθλιες συνθήκες, κόβοντας μάρμαρα, που προορίζονταν για την κατασκευή ειδωλολατρικών ναών! Η παρουσία του αγίου Κλήμη παρηγόρησε και ενθάρρυνε τους εκεί καταδικασμένους Χριστιανούς. Κατάκοποι, νηστικοί και διψασμένοι υπέμειναν τους κόπους και τα μαρτύρια και δοξολογούσαν τον αληθινό Θεό για την τιμή που τους έκανε να δεινοπαθούν για την πίστη τους σ’ Αυτόν. Ύστερα από θερμή προσευχή του αγίου επισκόπου ανέβλυσε νερό στον τόπο του μαρτυρίου να ξεδιψούν οι Μάρτυρες! Έκαμε κι άλλα θαύματα, τα οποία στερέωναν ακόμη περισσότερο την πίστη των δεινοπαθούντων Χριστιανών και μετέστρεφαν πολλούς ειδωλολάτρες δημίους τους στη νέα πίστη. Μαζί τους είχαν μεταστραφεί και πολλοί κάτοικοι της περιοχής.
Αυτό εξαγρίωσε περισσότερο τους φανατικούς ειδωλολάτρες, οι οποίοι ξέσπασαν στον ηλικιωμένο, άρρωστο και εξαντλημένο Κλήμη. Κάποιος απεσταλμένος του αυτοκράτορα, ονόματι Αφειδιανός, φανατικός και αυτός ειδωλολάτρης, δίωκε με μανία τους Χριστιανούς της Χερσώνος, άρπαξε τον Κλήμη και τον υπέβαλε σε φοβερά βασανιστήρια. Στο τέλος του έδεσε ένα σχοινί στο λαιμό, του κρέμασε μια άγκυρα και τον έριξε στη θάλασσα, να πνιγεί και να καταποντισθεί το σώμα του, ώστε να μην το βρουν οι Χριστιανοί. Έτσι και έγινε. Οι πιστοί μαθητές του Κορνήλιος και Φοίβος θρηνούσαν στην παραλία, ώσπου έγινε το μεγάλο θαύμα. Η θάλασσα έβγαλε στην ξηρά το τίμιο λείψανο, το οποίο εκείνοι έθαψαν με τιμές. Η μνήμη του εορτάζεται στις 24 Νοεμβρίου.